ระบบเครื่องปรับอากาศ ก็เป็นอีกส่วนหนึ่งที่มักพบเชื้อราเพราะต้องสัมผัสกับความชื้นอยู่บ่อยๆ โดยเฉพาะในกรณีที่เกิดปัญหารั่วซึมหรือหยดเหงื่อ (Condensation) ปัจจัยสำคัญต่อการเจริญเติบโตของราคือ อุณหภูมิ, ความชื้น, อาหารและความเป็นกรดด่าง เชื้อราจำนวนมากที่มีสารพิษ สามารถสร้างปัญหาให้กับสุขภาพได้หลายๆ อย่างเช่น ภูมิแพ้ ระบบทางเดินหายใจ หอบหืด และการระคายเคือง ปัญหาเหล่านี้สามารถป้องกันได้โดยเลือกใช้วัสดุที่เหมาะสม
■ วัสดุที่ใช้ควรเป็นวัสดุที่ไม่ทำปฏิกิริยาหรือไม่ชอบน้ำ (Hydrophobic) เช่น แก้ว และโพลีเมอร์ชนิดไม่มีขั้ว (Non-Polar Polymer) เนื่องจากวัสดุจะไม่ทำปฏิกิริยากับน้ำจึงมีแนวโน้มว่าจะถูกทำลายโดยน้ำได้ยากกว่าวัสดุมีขั้ว
■ โครงสร้างฉนวนไม่ควรให้น้ำซึมผ่านเข้าออกได้ง่าย โดยเฉพาะฉนวนจากวัสดุที่ค่อนข้างไวต่อน้ำ
■ ใช้ความหนาให้เหมาะสม เพื่อลดความแตกต่างของอุณหภูมิระหว่างผิวฉนวนและอุณหภูมิห้อง ให้เหลือน้อยที่สุด ป้องกันการเกิดหยดเหงื่อซึ่งเป็นแหล่งความชื้นที่ทำให้เชื้อราเติบโตได้ดี
■ ติดตั้งฉนวนให้ถูกวิธี เช่น ต้องเผื่อที่ให้มีอากาศไหลผ่านผิวฉนวน เพื่อไม่ให้เกิดมุมอับ บริเวณรอยต่อต่างๆ ควรปิดสนิท เพื่อลดความชื้นที่จะเข้าไปสัมผัสความเย็นซึ่งทำให้เกิดความควบแน่น
เพราะฉะนั้น การเลือกใช้สินค้า ควรเลือกด้วยความรอบคอบ เพื่อให้ไม่เกิดปัญหาเมื่อนำไปใช้งานจริง
